Kniha se tématice sovětské okupace věnuje v širším pojetí. V úvodních kapitolách je popsán například právní rámec „pobytu“ Střední skupiny vojsk v Československu či metodika jednání o škodách. Další kapitoly však přinášejí také informace o počtech, struktuře nebo úkolech okupačních jednotek, a snaží se nastínit každodenní život uzavřených prostorů. Konečně se kniha věnuje také otázkám odsunu Sovětských vojsk z Československa po pádu komunistického režimu, odstranění ekologických škod a zejména hledání spravedlnosti pro oběti tragických událostí.
Černá kniha sovětské okupace zcela poprvé nabízí analýzu zločinů a násilného chování, skutečný počet obětí zločinů, ignorantství, bezohlednosti i lhostejnosti příslušníků okupačních jednotek. Ukazuje také způsoby, jakými se československé státní orgány a sovětská vojenská justice s pachateli vypořádaly, či lépe řečeno v řadě případů bohužel nevypořádaly. Fakta o jednotlivých událostech byla vyhledána v původních a zatím nevyužitých archivních pramenech. Kniha je doplněna množstvím unikátních, dosud nezveřejněných fotografií.