Štefan Šutaj sa vo svojej výskumnej a publikačnej činnosti venuje predovšetkým problematike národnostných vzťahov v 20. storočí a na začiatku tohto storočia v strednej Európe s osobitným zameraním na postavenie a vývoj maďarskej menšiny na Slovensku. Pozornosť venuje aj činnosti politických strán na Slovensku po druhej svetovej vojne.
